《X战警3》依然围绕着人类与变种人之间的矛盾，这一次改变战局的关键点有两个：其一，政府开发了一种解药，这意味着变种人可以摆脱能力，过上普通人的生活，就像通过肌肤接触自动吸取能力的小淘气，为了一亲心爱之人的芳泽，选择放弃了能力。在她离开时，罗根（金刚狼）拦住了她说道：“希望你不是为了某个男人而这么做”，他顿了顿，补充道：“听着，如果你想走，那就走吧，只要你确定你要的是什么”。小淘气则询问道：“你不是该叫我留下吗？上楼去把行李放下？”，罗根则回答说：“我不是你父亲，我是你朋友，想想我刚刚说的话，小淘气”，然后转身离开。小淘气最终还是选择放弃了能力，毕竟她的初吻曾经害死了自己的恋人。但解药反过来也可以作为人类消灭变种人的武器，尤其是在没有经过政府委派的变种人代表，即身为变种人部长的野兽的同意，这种解药就被当作武器进行实装。其二是欧米茄级变种人琴的复活，琴复活后体内被查尔斯压制的黑暗人格苏醒，她将琴的实力完整地发挥出来，转眼间就让查尔斯化为了灰烬。她被埃里克当作对付人类的绝密武器，埃里克说他只能控制金属，而琴可以做到任何她想象的事情，这就是二者的差异。在这场战争中，可以变成任何人的魔型女失去了自己的能力，然后被埃里克毫不留情地抛弃。因为失去了变种人的身份，她在埃里克的眼中就只是一个普通女人，哪怕她在其身边当了那么多年的打手，陪着他从风华正茂到垂垂老矣。埃里克在结尾也失去了自己的能力，他以为金刚狼永远也学不会教训，所以他轻易地控制住向他冲过来的金刚狼后放松了警惕。毕竟同样的场景已经发生好多次了，罗根在万磁王埃里克眼前就是路边一条。但埃里克没有想到罗根只是来吸引他的注意，野兽从身后出现给他胸口来了好几针解药，让其失去了战斗力。最后拥有自愈能力的金刚狼单独面对暴走的琴，琴在愤怒之下近乎毁灭了一切，包括变种人，连埃里克都感慨道自己到底做了什么。琴最终恢复了神智，任由金刚狼杀死了自己，而金刚狼又一次失去自己的挚爱，只能悲痛的呐喊。影片到这里结束。